In den Jahren 2015 und 2016 haben in Deutschland insgesamt mehr als eine Million Menschen Asyl beantragt. Ihre gesundheitliche Versorgung stellt das Gesundheitssystem vor großen Herausforderungen. Bisher liegen keine repräsentativen Daten zur gesundheitlichen Situation geflüchteter Menschen vor. Zudem sind ihre medizinischen Erstaufnahmeuntersuchungen nicht ausreichend standardisiert. Handlungsbedarf besteht vor allem bei der gesundheitlichen Versorgung in den Bereichen der psychischen Erkrankungen, der chronischen Erkrankungen und bei Kindern. Viele Initiativen setzen sich deshalb für eine verbesserte Datenlage ein, damit entsprechende Entscheidungen zur besseren gesundheitlichen Versorgung der Menschen diskutiert und getroffen werden können.
Viele Menschen befürchten, dass Flüchtlinge Infektionskrankheiten nach Deutschland bringen könnten. Dabei verhält es sich eher umgekehrt: Viele geflüchtete Menschen sind durch Infektionskrankheiten gefährdet, die sie sich durch den Kontakt mit nicht geimpften Einheimischen oder mit anderen Menschen in Massenunterkünften zuziehen können. Sie haben aufgrund von Krieg in ihrer Heimat und ihrer Fluchtsituation keinen Impfschutz gegen Krankheiten wie beispielsweise Windpocken oder Masern. Zu den wichtigsten Zielen in der gesundheitlichen Versorgung von Flüchtlingen zählen deshalb eine starke Koordinierung und Standardisierung bei Impfungen und bei der Übermittlung gesundheitsbezogener Informationen sowie die Konzentration auf die wichtigen Infektionskrankheiten bei der Erstuntersuchung.